新・JavaScript入門編2: Webアプリケーションを作成しよう

npm Documentation
https://docs.npmjs.com/cli/run-script

package.json の "scripts" に指定されたコマンドを実行します。
主な例として、start や build が慣習的に多く用いられますが、名前の付け方は自由です。

今回は node app.js で単に app.js を実行しているだけですが、他に前処理が必要であったり、実行ファイルが変わった場合でも、"start" を修正することで変わらず npm run start として実行できる、というようなメリットがあります。

Node.js v14.14.0 Documentation
https://nodejs.org/docs/latest-v14.x/api/modules.html

他の言語と同様に、JavaScript（Node.js）でもファイルを分割することができます。
この際に module と呼ばれるシステムを活用することになります。
require される側のファイルでは、読み込まれて欲しい関数やクラスの塊を module.exports として定義します。
それを外部から require することで、戻り値として module.exports として定義された関数やオブジェクトを受け取ることができます。